Em 1986, foi fundada a Associação Barbacenense de Canoagem, embrião do Projeto Rio Limpo, com o objetivo de denunciar as agressões ambientais ao rio das Mortes.

Em 1997, foi idealizado o Projeto Rio Limpo, e implantado, em 1998, no rio das Mortes, com o objetivo de conhecer a realidade ambiental do rio das Mortes, considerando os moradores ribeirinhos como aliados. Os profissionais envolvidos nesse projeto eram biólogos, geólogos, químicos, médicos, engenheiros florestais e agrônomos e havia o envolvimento de eco-canoistas. A equipe buscava conscientizar e orientar sobre a importância de se manter o ambiente equilibrado por meio de recuperação de nascentes, de áreas de recarga e de preservação permanente das matas ciliares. O desenvolvimento desse projeto era feito com parcerias de empresas privadas e públicas, associações civis organizadas da micro-região de Barbacena. O Projeto avançou em outros municípios e levantou dados em cerca de 70% do rio das Mortes, que serviu à educação ambiental, visando à preservação e recuperação do rio.

Devido à relevância dos dados, foi ampliado o alcance do projeto que culminou com a criação do Instituto Rio Limpo. Esse instituto é uma organização não governamental, ambientalista e com intuito de ter ações mais abrangentes e constantes na recuperação das riquezas naturais da região do rio das Mortes, Minas Gerais.